Die Kantonsschule Musegg Luzern wurde 1999 gegründet und gehörte damals mit dem Lehrerinnen- und Lehrerseminar Luzern zum "Pädagogischen Ausbildungszentrum Musegg". Unsere Schule knüpft seit Beginn an die seminaristische Tradition der Lehrerinnen- und Lehrerbildung an und hat bewährte Elemente in die vierjährige gymnasiale Ausbildung übernommen. Die hohe Unterrichtsqualität ist seit der Gründung ein wichtiges Element der Ausbildung an der Kantonsschule Musegg Luzern. Seit 2001 verfügt die Schule über ein Qualitätskonzept. Jährlich führen Lehrpersonen, Verwaltung und Schulleitung gezielt Projekte durch, die der Qualitätssicherung und -Entwicklung dienen.
Das Lehrerinnen- und Lehrerseminar schloss im Juli 2007 seine Tore. Die Lehrerinnen- und Lehrerbildung läuft seither ausschliesslich über die Pädagogischen Hochschulen. Das verbliebene Kurzzeitgymnasium Musegg hat anlässlich der Schliessung des Seminars seinen Namen zu Kantonsschule Musegg Luzern gewechselt. Heute ist die Schule das grösste, reine Kurzzeitgymnasium im Kanton Luzern. Die bewusste und konsequente Umsetzung des musisch-kreativen Gedankens im alltäglichen Unterricht haben die Kantonsschule Musegg Luzern zu einer geschätzten und beliebten Bildungsinstitution gemacht.
Der Unterricht an der Kantonsschule Musegg Luzern wird in den beiden geschichtsträchtigen Schulhäusern Musegg und Fluhmatt gehalten. Sie beinhalten moderne, zeitgemäss ausgerüstete Schulzimmer und Arbeitsräume. Die historisch bedeutsamen Gebäude strahlen dennoch ein einmaliges, ehrwürdiges Flair aus. Während im Fluhmattschulhaus seit rund 60 Jahren Schülerinnen und Schüler ein und aus gehen, kann das Museggschulhaus auf eine über 130-jährige Geschichte als Bildungsstätte zurückblicken.