Die Lehrpläne der Kantonsschule Musegg Luzern wurden 2021 von den Lehrpersonen der verschiedenen Fachschaften überarbeitet und den gesellschaftlichen und bildungspolitischen Anforderungen angepasst. Sie erfüllen die Anforderungen des Maturitätsreglements und führen zur eidgenössisch anerkannten Matura. Die Lehrpersonen der Kantonsschule Musegg Luzern gestalten ihren Unterricht in den einzelnen Fächer gemäss den unten aufgeführten detaillierten Lehrplänen.
Im Schuljahr 2023/24 werden die 4. Klassen nach der alten Wochenstundentafel, die 1., 2. und 3. Klassen nach der neue Wochenstundentafel unterrichtet.